Az Akatsuki egy tíz tagú bűnszervezet, ami olyan nindzsákat tömörít akik elhagyták falujukat. A szervezet kevés jelentősséggel bír a sorozat Első részében és csak a Második részben válnak a Naruto főhőseinek fő ellenfeleivé. Az Akatsuki tagjai hosszú, fekete, magas gallérú köpenyükről ismerhetők fel, melyet vörös felhők díszítenek. A szervezet tagjai egyedi gyűrűket viselnek, amik szintén Akatsuki-tagságukat jelzik. A szervezet tagjai két fős csoportokban teljesítik küldetéseiket, de a tagok közötti kapcsolat igen laza; csak a közös cél elérése érdekében működnek együtt és nem igazán törődnek azzal, ha egyik társuk elesik a harctéren.Orochimaru még a sorozat cselekményének kezdete előtt hagyta el az Akatsukit és gyűrűjét is magával vitte, ami miatt a szervezet taglétszáma a történet során nem lépi túl a kilencet.

Az Akatsukit Uchiha Madara alapította, miután száműzték falujából, Avarrejtekből. A szervezet eredetileg csupán Madara tevékenységét fedezte, de hamarosan a bérgyilkosság és a kémkedés is része lett az Akatsuki tevékenységei körének. A sorozat kezdetekor az Akatsuki céljai már nem kevesebbek mint a világ feletti tejhatalom megszerzése. Hogy ezen célját elérje, az Akatsuki tevékenysége egyre aktívabb lesz a sorozat előrehaladtával, melynek fontos része, hogy megpróbálják összegyűjteni a kilenc kyuubit. A szervezet minden tagjának más démon, vagy annak hordozójának elfogása a feladata, akikből azután ha szükséges kivonják a démont és elzárják későbbi terveikhez. Az Akatsuki vezetőjének, Peinnek a magyarázata szerint, miután összegyűjtötték mind a kilenc démont, a szervezet elég erős lesz hozzá, hogy ők irányítsák a háborúkat. Mivel a világ kormányai képtelenek lesznek ellenállni a démonok erejének, az Akatsuki akadály nélkül átveheti majd a hatalmat. A manga 460. fejezetéig bezárólag az Akatsuki összesen hét démont fogott el :)