A ninjutsu (忍術, ’ninja technika’) kifejezést szinte minden olyan technikára alkalmazzák a sorozatban, amelynél gyakorlója chakrát használ olyan célra, amit egyébként saját puszta erejéből nem lenne képes megtenni. A genjutsuval ellentétben, aminek használatával a nindja illúziókat és délibábokat képes létrehozni, a ninjutsu hatásai valódiak. Felhasználása az elérni kívánt céltól függően igen sokoldalú lehet; alakváltásra vagy támadások kivédésére egyaránt alkalmas. Ezeknek a technikáknak az alkalmazása magától értetődően természetes dolog a képzett nindzsák számára, akkor vetik be őket, amikor csak akarják. A jóval összetettebb ninjutsuk alkalmazójuk környezetére is hatással vannak és képesek mozgósítani a természeti elemeket is. Felhasználható lehet gyógyításra vagy a szél és a víz manipulálására is. Azokat ninjucukat, amelyek természetmanipulációt használnak, aszerint osztályozhatjuk, hogy milyen természetű technikákat hoznak vele létre. Az ilyen támadásoknál, a használandó elemet, „típust” is mondják, például víz típus: vízklón jutsu. Az adott technikáknál használt kézjelek közül az utolsó dönti el, hogy milyen természetű a technika. Ezért is próbálják a ninják minél gyorsabban formálni a kézjeleket, hogy az ellenség ne tudja megállapítani, hogy – amellett, hogy pontosan melyik technikát használják – milyen természetű technikákat használnak.
Így lehetnek:

föld
víz
tűz
szél
villámlás  „típusú” jutsuk.

Az öt alap típus balról: víz, tűz, szél, villámlás, föld