A genjutsu (幻術, ’illúzió-technika’) az ellenfél idegrendszerében található chakrára hat, és ily módon hoz létre illúziókat. A sorozatban leggyakrabban látható genjutsu az egyszerű fantomok létrehozása, melyek megzavarják az ellenfelet, aki így olyan dolgokat hall, lát, szagol, ízlel vagy tapint, amik valójában nincsenek is ott. A legtöbb genjutsu az öt érzékszervre van hatással, de más alkalmazási módjai is léteznek a technikának. A genjutsuval sújtott személy általában megdermed vagy elveszíti az eszméletét, attól függően és mértékben, hogy mennyire képes észlelni és védekezni az adott gendzsucuval szemben. A genjutsu hatását három módon lehet megtörni. Az első a „kioltó genjutsu”, más néven a „gendzsucu kai” (幻術解) segítségével, mely megszakítja az áldozat chakra-keringését. Ezt, ha még képes rá maga az áldozat, de akár egy társa is megteheti. A fájdalom, melyet nem a genjutsu hatása okoz, szintén kiszabadíthatja az áldozatot a technika hatása alól. A harmadik módszer, ha a genjutsu alkalmazója bármilyen oknál fogva elveszíti az összpontosítást.