Uchiha Madara az Akatsuki megalapítója és az Uchiha klán védjegyévé vált Mangekjo Sharingan nevű technika első használója. Bár ez a technika elég hatalommal ruházta fel, hogy átvegye a hatalmat az Ucsiha klán felett, a Mangekjo Sharingan túlzott használata teljesen tönkretette szemeit, amiket saját testvére szemeivel pótolt. Madara később összefogott a Senju Hashiramával és ketten megalapították Avarrejteket. A két alapítóatya azonban nem értette egyet abban, hogy ki is vezesse a falut, ezért kettejük között párviadalra került sor, mely végén Madara látszólag életét vesztette. Évekkel később a Kilencfarkú rókadémon megtámadta a falut. A támadás Uchiha Itachi véleménye szerint Madara műve volt, bár Madara ezt tagadta. Miután a rókát a negyedik hokage saját fia testébe zárta, Madara beszivárgott a faluba és titokban kiképezte Itachit és segített neki az Uchiha klán lemészárlásában. Mikor Hoshigaki Kisame meglátta az arcát, felismerte, hogy ő Ködrejtek egykori vezetője.

Madara a sorozatban való szereplései során legtöbbször Tobi álcáját ölti magára, aki Sasori halála után lett tagja a szervezetnek. Tobiként nemtörődöm és kétbalkezes, mely szöges ellentétben áll valós személyiségével. Tobi előszeretettel aratja le a sikert más munkája után és előszeretettel bosszantja felettes társát, Deidarát, aki vagy felrobbantja vagy pedig komikus módon fojtogatni kezdi őt Miután Deidara az Uchiha Sasuke elleni küzdelemben éltét veszti, a Tobi-személyiség eltűnik, mivel Madara különleges érdeklődést mutat Sasuke fejlődése iránt. Ennek ellenére Madara nem adja fel teljesen Tobi álcáját, és időnként visszatér annak használatához, miközben az utolsó két kyuubi elfogását tervezi.